1. Согласно error логу могу опять же только предположить так как доступа на сервер не имею, что где-то в настроках apache для домена/субдомена в параметре DocumentRoot допущена ошибка.
2. Вы видимо имеете установленный ISPmgr, который обновился до последней версии и при нажатии Перезагрузка в ISPmgr вы видите:
К сожалению, используемая вашим сервером система виртуализации не поддерживает автоматическую перезагрузку. За информацией о том как перезагрузить сервер обращайтесь к вашему поставщику услуг.
Соответственно я как представитель поставщика услуг Вам выше ответил:
Правильно перезагружать сервер теперь, раньше, в будущем и всегда стоит из VDSmanager:
http://vdsplanet.ru/vdsmanager/Вдаваться в подробности почему теперь так я могу, но думаю Вам это будет неинтересно. Достаточно цитировать "используемая вашим сервером система виртуализации не поддерживает автоматическую перезагрузку".