в панели управления ISPmanager - nginx может работать только в паре с apache (как кеширующий сервер для статик контента) - nginx как прокси включается в меню "Возможности"
для того чтобы работала почта в том-же меню "Возможности" необходимо установить\включить mail сервер exim и dovecot.
после активации этих сервисов, в панели управления у вас должно появится меню "Почтовые домены"
инструкции по использованию панели управления вы можете найти на сайте разработчика
http://ru.ispdoc.com/P.S. мы рекомендуем использовать Debian вместо Ubuntu т.к. с ним меньше всего проблем при использовании.
P.P.S. также вы можете установить подготовленный нами дисковый шаблон с разширением -ispmanager, на котором уже предустановлены все необходимые компонтенты/модули и всё готово для работы.